In einer weit entfernten Zukunft lebt die Menschheit mit etwa 500 Millionen Menschen im Weltraum und streitet in einen scheinbar niemals endenden Kampf gegen Außerirdische namens Hideauze. Der 16-jährige Ledo ist Mechapilot und steht schon sein ganzes Leben im Dienste des Militärs und kurz davor für seine Verdienste die Bürgerrechte zu erhalten. Mit einer neuen Waffe versuchen die Streitkräfte erneut den Hideauze beizukommen, was jedoch misslingt. Beim Rückzug schafft es Ledo nicht mehr rechtzeitig in das Trägerschiff, das durch ein Wurmloch flieht. Stattdessen wird er durch das Wurmloch an einen unbekannten Ort gebracht.

Nach sechs Monaten im Kälteschlaf wird er von seinem Computer Chamber aufgeweckt und findet sich in seinem Mecha an Bord eines unbekannten Schiffs, das von Menschen etwa auf dem technischen Stand des 20. Jahrhunderts besiedelt ist, deren Sprache er nicht kennt woraufhin er annimmt sie seien ein „wandernder Stamm“. Als er seinen Mecha zur Erkundung verlässt, wird er ertappt und nimmt die 15-jährige Amy als Geisel. Zu seiner Verwunderung bemerkt er, dass das Schiff weder Schutz vor Strahlung, noch vor dem Vakuum besitzt, bis er schließlich entsetzt erkennt, dass das Schiff ein Wasserschiff ist und er sich auf einem bewohnbaren Planeten befindet, den sein Computer als Erde bezeichnet, jenem Geburtsort der Menschheit, der nach seinen Aufzeichnungen ein unbewohnbarer Eisplanet sein sollte...

Quelle: http://de.wikipedia.org/wiki/Suisei_no_Gargantia