Selbst im Manga und Anime ist dies mittlerweile immer noch nicht genau erklärt. Einmal heißt es, das die Root den Grundstein für die späteren ANBU legen, sprich das sie dort "entdeckt" und "trainiert" werden, aber ein anderen mal heißt es, das die Root nicht zu den ANBU direkt gehören und einzig und allein die Ziele von Danzou verfolgen.
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